合同关系认定应该怎么做？

案情简介：

四川某甲有限公司（以下简称甲公司）与德格县某有限公司（以下简称丙公司）签订了一份建设工程施工合同，约定由甲公司负责德格县某土地增减挂钩项目的施工工作。在施工过程中，由于双方对工程单价和工程量存在争议，导致工程款支付问题。甲公司在完成部分工程后被迫退场，随后向法院提起诉讼，请求确认丙公司支付工程款及利息。

审判过程：

一审法院审理后认为，甲公司与丙公司之间存在事实上的施工合同关系，但由于双方未签订正式的书面合同，工程单价和工程量无法确定，因此判决丙公司支付甲公司垫资款及相应利息。甲公司和丙公司均不服一审判决，提起上诉。

二审法院经审理认为，甲公司确实参与了部分工程的施工并垫付了资金，但由于缺乏充分证据证明具体的工程量和单价，二审法院酌情确定丙公司应支付的工程款数额。二审法院维持了一审法院关于工程款支付的判决，并驳回了甲公司和丙公司的上诉请求。

甲公司不服二审判决，向最高人民法院申请再审，主张二审判决认定的基本事实缺乏证据证明，且程序违法，损害了甲公司的合法权益。

裁判结果：

最高人民法院经审查认为，甲公司与丙公司之间存在施工合同关系，但由于双方未签订正式的书面合同，工程单价和工程量无法确定。最高人民法院认为，二审法院在酌情确定工程款数额时已经充分考虑了甲公司的实际投入和损失，且未违反法定程序。因此，最高人民法院裁定驳回甲公司的再审申请。

评析：

本案是一起典型的建设工程施工合同纠纷案件，涉及合同关系认定、工程款支付、证据采信和程序公正等多个法律问题。

首先，关于合同关系认定问题。尽管甲公司与丙公司未签订正式的书面合同，但根据甲公司的实际施工行为和垫资事实，法院认定双方存在事实上的施工合同关系。

其次，关于工程款支付问题。由于双方对工程单价和工程量存在争议，且缺乏充分证据，法院在酌情确定工程款数额时，综合考虑了甲公司的实际投入、损失和市场行情等因素。

再次，关于证据采信问题。甲公司在再审申请中提交了新的证据，试图证明其主张的工程款数额。然而，最高人民法院认为，这些证据不足以推翻二审判决的认定。

最后，关于程序公正问题。甲公司主张二审判决程序违法，损害了其合法权益。最高人民法院经审查认为，二审法院在审理过程中并未违反法定程序。