认定医疗事故罪的证据有：1、门诊及住院病历、化验单、处方等书证；2、药品等物证；3、证人证言、被害人陈述、犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解以及鉴定意见等证据。
证据必须是依法收集的，且经查证属实。
医疗事故罪认定的证据有哪些的法律依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条 可以用于证明案件事实的材料，都是证据。
证据包括： （一）物证； （二）书证； （三）证人证言； （四）被害人陈述； （五）犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解； （六）鉴定意见； （七）勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录； （八）视听资料、电子数据。
证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。
第五十五条 对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。
只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件： （一）定罪量刑的事实都有证据证明； （二）据以定案的证据均经法定程序查证属实； （三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
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